A bonsai első megjelenését i.e. 400 körülre, Csin Si Huang Ti, az agyaghadseregéről is híres kínai császár uralkodásának idejére tehetjük.
A fák nevelését hosszú, a természetben tett megfigyelés előzte meg, az erdőben élő nagy példányok lényegét megőrizve alakították ki, kisméretű testvéreik stílusát. Hamarosan ezeknek a stílusoknak már szigorú előírásai, esztétikai és kultikus szabályai alakultak ki.
A bonsai felvirágzása a XII. században, a nemesség és szamuráj rétegnek köszönhetően jött lérte, akik a teaszertartás és ikebana mellett erre is sok időt fordítottak.
A bonsai fák eredetileg szabadtéri növények voltak. Japánban csak különleges ünnepekkor, néhány napra vitték be őket a szobába.
A kis méret titka a gyökérzóna nagyságának csökkentése és ezzel együtt, az egyensúly fenntartása végett, az ágak, a hajtások, a lombozat arányos metszése. A tálban kifejlődő gyökértömeg ugyanis természetszerűleg csak magával arányos mennyiségű lombot képes ellátni.