Az öntözésen kívül nagyon fontos a bonsai-ok megfelelő táplálása.
Téves az a hiedelem, hogy a miniatűr növényeket éheztetni, sanyargatni kell (!!!!),épp ellenkezőleg: erőteljes növekedésüket kell biztosítani, hogy fejlődésük során a kívánatos formázást el lehessen végezni, és ellenállók legyenek a betegségekkel, a kártevőkkel szemben.
Mivel a bonsai-ok viszonylag kis edényben, kevés földben élnek, a tápanyag a talajból hamar kiürül, így a növény a fejlődéséhez, felépítéséhez elengedhetetlen anyagokat nem kapja meg, tehát növekedése leáll és ezt ugye nem szeretnénk.
Régi megfigyelés a bonsaiknál, hogy a kis földmennyiség miatt az elfogyott tápanyagokat pótolni kell olyan módon, hogy azt a növények hasznosítani tudják. (Régen pl. szárított halat dugtak a gyökerei közé.)