A bonsai-oknál alapvetően háromféle metszésről beszélhetünk:
- ágak, hajtások metszése
- levélmetszés
-gyökérmetszés.
Ágak és hajtások metszése:
Miután elképzeltük a bonsai-unk leendő alakját, ne ragadjunk rögtön metszőollót (kisollót személyszerint), mert néhány dolgot előtte nem árt tudnunk. A metszés utáni növekedést az ág végén lévő rügy iránya fogja a leginkább befolyásolni. Ha a rügy felfelé álló, a növekedés intenzívebb lesz mint oldalra vagy lefelé álló rügy esetén. Persze ha mondjuk egy ágat baloldali irányba szeretnénk növeszteni, akkor egy olyan rügy felett metszünk amely balra néz. Így az ág további növekedése a rügynek megfelelő irányba fog folytatódni. Vigyázzunk, hogy a metszés ne legyen túl közel a rügyhöz mert könnyen beszáradhat, és ebben az esetben nem hajt ki, vagy túl messze a rügytől mert a megmaradó ágdarab elrontja az összképet.
Levélmetszés:
A levélmetszés olyan speciális beavatkozás, melynek célja, hogy a viszonylag nagy levelű fafajták kisebb leveleket hozzanak, mert egy miniatűr fa akkor szép, ha a levelek mérete arányos a fa többi részével.A levélmetszést arra a megfigyelésre alapozzák, hogy a növény leveleinek eltávolítása után a hónalj rügyek kihajtanak, és a növény ilyenkor többnyire kisebb de nagyobb számú levet hajt. Levélmetszést csak nagyon jó erőben lévő, teljesen egészséges növényen hajtsunk végre. A levélmetszés időpontja június, ilyenkorra már kifejlődtek a levelek tövében megbúvó hónalj rügyek.
Gyökérmetszés:
A gyökérmetszés leginkább az átültetés során válik aktuálissá. Míg egy szobanövényt az átültetés során egyszerűen nagyobb cserépbe ültetünk, addig a bonsai többnyire marad az eredeti táljában. A növekedés során azonban nemcsak az ágak növekednek, hanem a növény többi része - a gyökerek is. Ahhoz, hogy az eredeti tálba visszaültessünk egy bonsai-t elkerülhetetlen, hogy a gyökereit visszametsszük. Miután kiemeltük a bonsai-t a táljából, óvatosan lazítsuk fel a földlabdáját, és a gyökerek kb. 1/3-át esetleg a felét távolítsuk el. A gyökérmetszés ideje a koratavasz (esetleg késő ősszel aktuális).